Храм, построенный в середине 17-го века и однажды известный за свои девять вырезных позолоченных алтарей, был закрыт в 1864 году после того, как было подавлено национально-освободительное восстание, в котором активно участвовали бернардинские монахи.

В 1872 году в помещении церкви был размещен архив, а принадлежащие монастырю строения – жилые помещения, больница, конюшня, столовая и пивоварня – были переданы военному департаменту. Во время Второй мировой войны гестапо совершило множество злодеяний в монастыре – во внутреннем дворе происходили расстрелы участников белорусского Сопротивления (согласно рассказам старожилов, еще в 1950-х годах здесь оставалась бетонная стена с остатками следов от пуль рядом с аккуратно построенным нацистами бетонным желобом для стока крови).

Костел Святого Иосифа, памятник архитектуры в стиле барокко, был отреставрирован в 1983 году. В настоящее время он является домом для двух архивов: архива научно-технической документации и архива литературы и искусства Беларуси. В нескольких оставшихся зданиях бернардинского монастыря до недавнего времени размещались военная комендатура, прокуратура и главный арестантский дом. В 2014 году здесь был открыт отель «Монастырский».

Со стороны площади Свободы торговые ряды, возведенные в 19-м веке на месте стен монастыря, полукруглой формой окружают Иосифовский костел.