Основание монастыря датируется 1636 годом, когда православный митрополит Речи Посполитой Петр Могила положил его начало.

Спустя тридцать лет на месте первоначальных деревянных построек возведены каменные здания в стиле барокко. Основным храмом монастыря стал храм, посвященный Святому Николаю. В 1798 году возле Никольского храма появилась «теплая» (зимняя) церковь, посвященная Святому Онуфрию Великому. В XVII–XVIII веках монастырь обогатился жилыми зданиями, оградой с воротами и колокольней, которые сегодня составляют монастырский комплекс с Никольской церковью в качестве центрального элемента.

Старейшие фрески храма относятся к концу XVII века. Храм украшает восстановленный четырехъярусный иконостас, сделанный в стиле белорусской объемной резьбы с позолотой. В храме также находится икона Николая II-мученика, обнаруженная в подвале дома в Могилеве в день канонизации российской царской семьи. Сегодня Свято-Никольский женский монастырь, вновь открытый в 1991 году, включен в предварительный список объектов Всемирного наследия ЮНЕСКО.